Godine 2027., godinu nakon završetka ne-nuklearnog IV svjetskog rata, u Newport Cityju je eksplodirala bomba, ubivši glavnog trgovca oružjem koji bi mogao imati veze s misterioznom 501 Organizacijom. Dužnosnik javne sigurnosti Daisuke Aramaki angažira korisnika kiberne proteze cijelog tijela i hakera, Motoko Kusanagi, radi istraživanja.