Godina je 2071. Nakon terorističkog bombaškog napada, na stanovništvo Marsa oslobađa se smrtonosni virus i vlada je izdala najveći ulog u istoriji, za hvatanje onoga ko stoji iza njega. Posada lovca na glave svemirskog broda Bebop; Spike, Faie, Jet i Ed, preuzmi slučaj sa nadom da će unovčiti ulog. Međutim, misterija oko odgovornog čoveka, Vincenta, ide dublje nego što su ikada zamislili, a oni nisu jedini koji ga love.